קהילת המודיעין בנויה משלושה ארגונים גדולים המקיימים ביניהם מערכת ענפה של יחסי גומלין. לכל גוף יש תחומי אחריות משלו ומאפייני פעולה דומיננטיים משלו. עם זאת, קהילת המודיעין הישראלית היא גוף מבוזר מאוד.
 שלושת גופי המודיעין בקהילה הם: אגף וחיל המודיעין של צה"ל (אמ"ן- חמ"ן), המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים ("המוסד") ושירות הביטחון הכללי (השב"כ).

אמ"ן מופקד על מתן מודיעין לצה"ל, לשר הביטחון ולממשלה בתחומים העוסקים בסביבתה האסטרטגית של ישראל. המידע נאסף לצורכי עיצוב מדיניות, הערכת מצב, הפעלת כוח ומשא ומתן מדיני. אחד מתפקידיו הראשיים של אמ"ן הוא לספק לדרג הצבאי והמדיני הערכת מודיעין לאומית במישורים הצבאי והמדיני. בהתאם לכך הוא מציג לפני מקבלי ההחלטות התרעות מודיעיניות על מלחמה אפשרית ועל פעולות איבה המתוכננות נגד ישראל, וכן הזדמנויות לתפניות מדיניות. בצד חטיבת המחקר, האמונה על ההערכה המודיעינית, יש באמ"ן גופי איסוף מודיעין בכל התחומים – סיגינט, יומינט, ויזינט ואוסינט – הכפופים לראש אמ"ן שקובע את סדרי העדיפויות והצי"ח (ציון ידיעות חיוניות) המודיעיני.

נוסף על אמ"ן קיימים בצה"ל גופי מודיעין בזרועות ובפיקודים, וכן קיימים חיל המודיעין, שמפקדו כפוף לראש אמ"ן, וחיל האיסוף הקרבי (מודיעין השדה) שאוסף מידע חזותי בשדה הקרב. ראש אמ"ן כפוף לרמטכ"ל ודרכו גם לשר הביטחון. כמו כן, לראש אמ"ן יש מעמד מיוחד המאפשר לו נגישות ישירה לראש הממשלה בענייני הערכת מודיעין.

השב"כ פועל מתוקף חוק השב"כ מ-2002. הוא מופקד על שמירת ביטחון המדינה, סדרי המשטר הדמוקרטי ומוסדותיו מפני איומי טרור, חבלה, ריגול, חתרנות וחשיפת סודות מדינה. השב"כ פועל בתחומי הריבונות של מדינת ישראל ובשטחים שבשליטתה. תפקידו להגן על ביטחונם האישי של אזרחי ישראל ושל תושביה. לפי חוק השב"כ – ראש השב"כ כפוף לראש הממשלה ונתון למרות הממשלה.

המוסד מופקד על איסוף מידע ועל ביצוע פעולות חשאיות מיוחדות מחוץ לגבולות המדינה, למשל, סיכול פעולות טרור ומניעת פיתוח נשק בלתי קונבנציונלי במדינות עוינות או הצטיידותן בו. כמו כן מופקד המוסד על מחקר מודיעין. אחת ממשימות המוסד החשובות היא הסיוע להעלאת יהודים מאזורים עוינים או באזורים שבהם מצבים קיומיים מורכבים.

בין ארגוני המודיעין בקהילה מתקיימים יחסי גומלין ענפים למן העשור הראשון לקום המדינה, ולארגונים יש תחומי אחריות אשר השתנו במשך השנים בהתאם לצורכי המדינה. כמו כן ישנה חפיפה מסוימת המחייבת תיאום הדוק בין גופי המודיעין השונים. תחומי אחריות אלו מוסדו בעת האחרונה מתוך עבודתה של ועדה לבחינת חלוקת האחריות בקהילה, שאת מסקנותיה אישר ראש הממשלה לשעבר, אריאל שרון, בינואר 2005. אף על פי כן קהילת המודיעין היא ארגון מבוזר מאוד ולא אחת מתגלעות מחלוקות בין הארגונים. לקהילה אין מפקד אחד (מתחת לראש הממשלה ושר הביטחון) ואין מנגנון שליטה מרכזי המתכנן, מנווט ומבקר את פעילותה. כתוצאה מכך אין לקהילה תכנית עבודה משותפת או תקציב כולל. ניהול הקהילה מתבצע ברמה ארגונית – כלומר כל ארגון מנהל את עצמו. הדבר יוצר יחסי גומלין בקהילה לרצוניים (לא מחייבים) במידה רבה. ברוח זו מתקיימים מפגשים בין ראשי הארגונים ודרגי עבודה, המאפשרים את שיתופי הפעולה בין הארגונים.

ועדת ראשי השירותים (ור"ש) היא הפורום הבכיר ביותר שבו נפגשים ראשי ארגוני המודיעין. בוועדה חברים באופן קבוע שלושת ראשי הארגונים בקהילת המודיעין: אמ"ן, שב"כ והמוסד. כמו כן משתתף בוועדה ראש המטה לביטחון לאומי. ראשי גופי מודיעין אחרים (המרכז למחקר מודיעין (ממ"ד) של משרד החוץ ואגף החקירות במשטרת ישראל) מוזמנים על פי העניין. עם זאת, ועדה זו אינה פורום מחייב לשיתוף פעולה ואין לה מנגנון הכרעה במחלוקות בין הארגונים.

בשנת 2009 הוקם המשרד לענייני מודיעין. בפעם הראשונה בישראל יש משרד ממשלתי מיוחד שתפקידו ליצור ראייה כוללת של קהילת המודיעין ולסייע לראש הממשלה ולדרג המדיני בהכוונה, בבקרה ובהפעלה של גופי המודיעין בישראל (אמ"ן, מוסד, שב"כ) מנקודת מבט לאומית כוללת.